Sau 20 năm, kể từ ngày Thủ tướng Chính phủ ban hành Nghị định về Đại học Quốc gia Hà Nội (ĐHQGHN), hoạt động hợp tác quốc tế và hợp tác trong nước của ĐHQGHN có bước phát triển vượt bậc, góp phần quan trọng khẳng định uy tín, thương hiệu và vị thế đại học hàng đầu của ĐHQGHN trong hệ thống giáo dục Việt Nam. Lãnh đạo ĐHQGHN luôn khẳng định hợp tác quốc tế và hợp tác trong nước là động lực chính tạo sự bứt phá trong việc phát triển các nguồn lực để phục vụ sự nghiệp phát triển ĐHQGHN trở thành đại học nghiên cứu theo chuẩn quốc tế.
Hoạt động hợp tác quốc tế đa dạng về hình thức, với nhiều chương trình hợp tác đào tạo và nghiên cứu hiệu quả, thể hiện thế mạnh và tiềm năng hợp tác của ĐHQGHN. ĐHQGHN luôn chủ trương ưu tiên phát triển hợp tác lâu dài, tin cậy với các đại học, các tổ chức khoa học và giáo dục có uy tín trên thế giới, với các tập đoàn, doanh nghiệp ngoài nước dưới hình thức hợp tác nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ, liên kết đào tạo quốc tế chương trình đại học và sau đại học, tổ chức hội thảo khoa học quốc tế, trao đổi sinh viên, giảng viên và cán bộ, v.v...
Chủ động xác định các hướng ưu tiên hợp tác và chủ động thiết lập các mối quan hệ đối tác, và thông qua các văn bản ký kết giữa ĐHQGHN với các đại học lớn trên thế giới, các đơn thành viên cụ thể hóa và liên kết triển khai thành công các chương trình hợp tác nghiên cứu và đào tạo, thể hiện thế mạnh của đại học liên ngành, liên lĩnh vực. Đến nay ĐHQGHN đã thiết lập quan hệ hợp tác với 135 trường đại học và tổ chức giáo dục, KHCN quốc tế, trong đó có những trường đại học hàng đầu thế giới như Viện đại học Công nghệ Machachusset, ĐH Illinois, ĐH Brown, ĐH Turf, ĐH Hawaii, ĐH Oregon, ĐH Princeton, ĐH California (Hoa kỳ); ĐH East London, ĐH Leeds, ĐH Nottingham, ĐH East Anglia (Anh); ĐH Bách khoa Paris, ĐH Paris Sud, ĐH Toulouse (Pháp); ĐH Tokyo, ĐH Kyoto, ĐH Osaka (Nhật Bản), ĐHQG Seoul (Hàn Quốc), ĐH Bắc Kinh, ĐH Thanh Hoa (Trung Quốc), ĐHQG Singapore,...
Qua các nhiệm vụ hợp tác quốc tế về đào tạo và nghiên cứu khoa học, hàng năm, ĐHQGHN đã cử hàng nghìn các bộ, sinh viên đi học tập, trao đổi kiến thức khoa học, tham gia các hội nghị, hội thảo cũng như đón tiếp hàng trăm nhà khoa học, nhà quản lý và sinh viên, nghiên cứu sinh tới học tập và làm việc tại các cơ sở, phòng thí nghiệm của ĐHQGHN.
ĐHQGHN là thành viên tích cực và chủ chốt của nhiều tổ chức và mạng lưới giáo dục đại học khu vực và quốc tế, xứng đáng với vị thế của một đại học hàng đầu của Việt Nam. Hiên nay, ĐHQGHN là thành viên chính thức Mạng lưới bốn đại học chủ chốt Đông Á (BESETOHA), gồm các đại học nổi tiếng như Đại học Tokyo, Đại học Bắc Kinh, Đại học quốc gia Seoul; là thành viên ban điều hành, tham gia cơ cấu lãnh đạo của nhiều tổ chức, hiệp hội, mạng lưới giáo dục đại học như Mạng lưới các Đại học ASEAN (AUN), Tổ chức Đại học Pháp ngữ (AUF), Hiệp hội các đại học Đông Nam Á và Đài Loan (SATU), Hiệp hội các đại học khu vực Châu Á - Thái Bình Dương (ASAIHL)… và đặc biệt, được Thủ tướng Chính phủ quyết định là một trong 13 trụ cột của Cộng đồng Văn hóa Xã hội ASEAN (ASCC).
Với các thành tựu khoa học, giải thưởng quốc tế của ĐHQGHN trong những năm qua thể hiện rõ quan điểm coi trọng đối tác truyền thống và đồng thời phát triển mạnh quan hệ hợp tác với các đối tác có tiềm năng, thế mạnh, năng lực hợp tác phù hợp với ĐHQGHN. Các thành công trong hợp tác quốc tế cũng cộng hưởng với các hợp tác trong nước, với các địa phương, doanh nghiệp và thực hiện các nhiệm vụ phối hợp với các bộ, ban, ngành. ĐHQGHN là đầu mối và là cầu nối tri thức quốc tế, chuyển giao công nghệ tiên tiến cho các doanh nghiệp và địa phương, góp phần thúc đẩy và triển khai thực hiện nhiệm vụ Khoa học Công nghệ cấp địa phương và nhà nước.
Kết hợp hoạt động hợp tác quốc tế và hợp tác trong nước, ĐHQGHN luôn đặt mục tiêu hiệu quả, đảm bảo sự công bằng, các bên cùng có lợi và phát triển. Thông qua hợp tác để quảng bá hình ảnh, thương hiệu ĐHQGHN như một trung tâm đào tạo nhân lực chất lượng cao cho cả nước và hướng ra với thế giới. Thông qua hoạt động hợp tác cũng thu hút các nguồn lực khác nhau phục vụ sự nghiệp phát triển ĐHQGHN.
Hoạt động hợp tác trong nước đã tạo được niềm tin với các cơ quan, doanh nghiệp và địa phương, cung cấp luận cứ khoa học cho sự nghiệp phát triển kinh tế - xã hội và văn hoá, giáo dục, bảo vệ môi trường của các địa phương là một trong những nhiệm vụ quan trọng của hoạt động KHCN ĐHQGHN. Thực hiện một trong những giá trị cốt lõi - tiên phong trong nghiên cứu khoa học và đào tạo trình độ cao, và chủ trương kết hợp giữa viện nghiên cứu và trường đại học, gắn nghiên cứu - triển khai với sản xuất - kinh doanh, ĐHQGHN đã xác định hợp tác trường – viện – doanh nghiệp – đối tác quốc tế vừa là phương thức vừa là mục tiêu nhằm tới sự phát triển của từng đối tác, sự phát triển chung của sự nghiệp khoa học - công nghệ và giáo dục đại học Việt Nam. ĐHQGHN đã ký văn bản hợp tác với Bộ Tài nguyên và Môi trường, Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam, UBND thành phố Hà Nội, UBND tỉnh Quảng Ninh, UBND tỉnh Hà Giang, Ngân hàng BIDV, Tập đoàn Viễn thông Quân đội, Công ty AIC, ... Đây là những chương trình hợp tác mang tính chiến lược, tránh được sự đầu tư trùng lặp, luôn duy trì được sự cần thiết và nhu cầu hợp tác lâu dài, bền vững và có sự hỗ trợ cho nhau.
Tháng 8/2013, ĐHQGHN đã ký kết với Ngân hàng BIDV thoả thuận hợp tác và hỗ trợ phát triển học bổng cho sinh viên, học viên và nhà ở cho cán bộ giảng viên trẻ của ĐHQGHN.
Đối với địa phương, các hoạt động hợp tác không chỉ tập trung chú trọng về phát triển KHCN mà còn góp phần đào tạo nguồn nhân lực quản lý và chuyên môn cho các đơn vị trực thuộc và cấp huyện tại Quảng Ninh, Hà Giang và các địa phương khác. Đặc biệt trong hợp tác với thủ đô Hà Nội, nơi đặt trụ sở chính của ĐHQGHN, các đơn vị đã thực hiện thành công một số dự án / đề tài, như đề tài “Địa chí Cổ Loa” do Viện Việt Nam học và Khoa học phát triển tổ chức thực hiện. Hướng tới kỷ niệm 1000 năm Thăng Long - Hà Nội, các nhà khoa học của ĐHQGHN đã phối hợp với các cơ quan khoa học ở Trung ương và Hà Nội thực hiện nhiều nghiên cứu về kinh tế, xã hội, văn hoá, ngoại giao, lịch sử của thủ đô (thuộc Chương trình KHCN trọng điểm KX.09), đặc biệt đã góp phần nghiên cứu và bảo tồn, phát huy khu di tích Hoàng Thành nổi tiếng. Viện Việt Nam học và Khoa học phát triển đã làm đầu mối tổ chức thực hiện thành công (theo đề nghị của UBND Tp. Hà Nội) việc lập hồ sơ khoa học đề nghị UNESCO công nhận di tích Hoàng thành Thăng Long là di sản văn hóa thế giới.
ĐHQG TP. HCM và ĐHQGHN là những đại học có mô hình quản lý đặc thù, có nhiệm vụ chính trị đặc biệt, hai trung tâm nghiên cứu hàng đầu của đất nước đã ký kết văn bản hợp tác thống nhất về khoa học và công nghệ, xác định các lĩnh vực hợp tác mà hai bên cùng có thế mạnh và cùng quan tâm, nhằm các mục tiêu: cùng khai thác sử dụng nguồn lực KHCN: đội ngũ cán bộ khoa học, cơ sở vật chất, phòng thí nghiệm, trang thiết bị, Hợp tác xây dựng và triển khai các đề tài NCKH trọng điểm vì mục tiêu phát triển khoa học của đất nước.