Hiện nay, Trường Đại học Kinh tế - ĐHQGHN có 5 khoa trực thuộc: Khoa Kinh tế Chính trị, Khoa Quản trị Kinh doanh, Khoa Tài chính - Ngân hàng, Khoa Kinh tế Quốc tế và Khoa Kinh tế Phát triển.

Bắt đầu từ năm 2008, Khoa Kinh tế Phát triển sẽ tuyển sinh hệ đào tạo đại học ngành Kinh tế Phát triển theo khung chương trình mà Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội ban hành.